技能大全

使用可扩展算法（GRNBoost2、GENIE3）从基因表达数据推断基因调控网络（GRNs）。适用于分析转录组学数据（批量RNA测序、单细胞RNA测序），以识别转录因子与靶基因关系及调控相互作用。支持大规模数据集的分布式计算。

全面的天文学与天体物理学Python库。该技能适用于处理天文数据，涵盖天体坐标、物理单位、FITS文件、宇宙学计算、时间系统、表格数据、世界坐标系（WCS）以及天文数据分析。适用于坐标转换、单位换算、FITS文件操作、宇宙学距离计算、时间尺度转换或天文数据处理等任务。

Benchling研发平台集成。通过API访问注册库（DNA、蛋白质）、库存、电子实验记录条目、工作流程，构建Benchling应用程序，查询数据仓库，实现实验室数据管理自动化。

综合分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析（FASTA/GenBank/PDB格式）、系统发育分析，以及程序化访问NCBI/PubMed数据库（通过Bio.Entrez模块）。尤其适用于批量处理、定制生物信息学流程、BLAST自动化任务。若需快速查询推荐使用gget工具；若需多服务集成则建议采用bioservices库。

bioRxiv预印本服务器高效数据库搜索工具。当您需要通过关键词、作者、日期范围或分类检索生命科学预印本、获取论文元数据、下载PDF文件或进行文献综述时，可使用此技能。

统一Python接口，支持40余种生物信息学服务。适用于在单一工作流中通过一致API查询多个数据库（如UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome）。最适合跨数据库分析及多服务间的ID映射。若需快速单数据库查询，推荐使用gget；若涉及序列/文件操作，建议选择biopython。

通过SOAP API访问BRENDA酶数据库。获取动力学参数（Km、kcat）、反应方程式、生物体数据以及底物特异性酶信息，用于生化研究和代谢途径分析。

通过编程方式查询CELLxGENE Census（6100万+细胞）。当您需要从最大的经整理单细胞图谱中获取跨组织、疾病或细胞类型的表达数据时使用。最适合群体规模查询、参考图谱比较。如需分析自有数据，请使用scanpy或scvi-tools。

查询ChEMBL生物活性分子与药物发现数据库。通过结构/性质搜索化合物，获取生物活性数据（IC50、Ki），查找抑制剂，开展构效关系研究，服务于药物化学领域。

谷歌量子计算框架。适用于针对谷歌量子AI硬件、设计噪声感知电路或进行量子特性实验的场景。最适合谷歌硬件、噪声建模及底层电路设计。针对IBM硬件请使用Qiskit；对于支持自动微分的量子机器学习，推荐使用PennyLane；若进行物理模拟，则建议采用QuTiP。

学术研究综合文献管理工具。支持检索Google Scholar与PubMed数据库获取论文，精确提取元数据，验证引用信息，并生成标准格式的BibTeX条目。适用于文献检索、引文核验、DOI转BibTeX编码及科研写作中的参考文献精确管理场景。

生成适用于制药与临床研究环境的专业临床决策支持（CDS）文档，包括患者队列分析（基于生物标志物分层及结局指标）和治疗建议报告（循证指南与决策算法）。支持GRADE证据分级、统计分析（风险比、生存曲线、瀑布图）、生物标志物整合及法规合规性要求。输出可直接用于发表的LaTeX/PDF格式文档，专为药物研发、临床研究与证据整合场景优化。

撰写全面的临床报告，包括病例报告（遵循CARE指南）、诊断报告（影像学/病理学/实验室）、临床试验报告（符合ICH-E3标准、严重不良事件报告、临床研究报告）以及患者诊疗文档（SOAP格式、病史与体格检查、出院小结）。全程提供模板支持、确保符合法规要求（如HIPAA、FDA、ICH-GCP），并配备验证工具辅助完成。

通过ClinicalTrials.gov API v2接口查询临床试验信息。支持按疾病、药物、地点、状态或试验阶段筛选试验项目。可根据NCT编号获取详细试验数据，支持数据导出功能，适用于临床研究与患者匹配。

访问ClinPGx药物基因组学数据库（PharmGKB的后续平台）。查询基因-药物相互作用、CPIC指南、等位基因功能，以支持精准医疗和基因型指导的用药剂量决策。

查询NCBI ClinVar以获取变异临床意义。通过基因/位置进行检索，解读致病性分类，通过E-utilities API或FTP访问数据，为VCF文件注释，服务于基因组医学应用。

基于约束的代谢建模（COBRA）。包括通量平衡分析（FBA）、通量变异性分析（FVA）、基因敲除、通量采样以及SBML模型，适用于系统生物学和代谢工程分析。

访问COSMIC癌症突变数据库。查询体细胞突变、癌症基因普查、突变特征、基因融合等，用于癌症研究与精准肿瘤学。需要身份验证。