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tamarind

通过其 REST API 或 MCP 服务器，在 Tamarind Bio 平台上访问一系列开源分子设计与结构生物学工具——无需本地 GPU。Tamarind 汇集了用于结构预测的热门开源模型（AlphaFold、Boltz、Chai、ESMFold），以及蛋白、结合体（binder）与去向设计（RFdiffusion、ProteinMPNN、BoltzGen）。还包括抗体与纳米抗体设计及可开发性评估、蛋白-配体对接（DiffDock、Autodock Vina）、结合亲和力预测、MSA 生成和分子动力学。 当用户提到 Tamarind 或 tamarind.bio、希望在云端运行这些开源工具、提及 app.tamarind.bio/api 或 x-api-key 请求头，或需要提交序列批次以进行结构或生物物理表征时，请使用。

作者

@K-Dense-AI

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Tamarind Bio - 云端分子设计与结构预测平台

技能概述


Tamarind Bio 是一个云端计算生物学平台，提供蛋白质结构预测、分子设计、抗体开发等开源工具的 API 访问，无需本地 GPU 即可运行 AlphaFold、Boltz-2、Chai-1 等先进模型。

适用场景


  • 蛋白质结构预测与研究：需要预测单体蛋白质、蛋白质复合物或蛋白质-配体复合物的三维结构，包括使用 AlphaFold、Boltz-2、Chai-1 等最新模型进行高精度结构建模。

  • 蛋白质与抗体分子设计：需要进行蛋白质从头设计、结合剂设计、抗体或纳米抗体序列优化，以及使用 RFdiffusion、ProteinMPNN 等工具进行理性分子设计。

  • 批量筛选与药物研发：需要批量处理大量序列进行结构表征、虚拟筛选、结合亲和力预测或蛋白质-配体对接，适用于药物发现和优化流程。

    • 核心功能


  • 多种结构预测模型集成：平台整合了 AlphaFold、Boltz-2、Chai-1、ESMFold 等主流蛋白质结构预测工具，支持单体、多聚体以及蛋白质-小分子复合物的结构预测，用户无需安装和配置本地计算环境。

  • 蛋白质设计与优化工具链：提供 RFdiffusion、ProteinMPNN、BoltzGen 等蛋白质设计工具，支持从骨架生成、序列设计到逆向折叠的完整设计流程，同时包含抗体和纳米抗体的专用设计及可开发性评估功能。

  • 分子对接与亲和力预测：集成 DiffDock、AutoDock Vina 等分子对接工具，可进行蛋白质-小分子对接、结合亲和力预测，并支持分子动力学模拟，为药物研发提供关键计算支持。

    • 常见问题

    Tamarind Bio 是免费的吗？


    Tamarind Bio 为每个用户提供 10 个免费作业额度，可以用于体验平台的各项功能。对于更大规模的使用需求，需要联系 Tamarind Bio 团队购买订阅服务。

    如何获取 Tamarind API 密钥？


    访问 app.tamarind.bio 注册账户后，在账户设置或 API 设置中创建 API 密钥。获取密钥后，需要将其设置为环境变量 TAMARIND_API_KEY，或在每次 API 请求时通过 x-api-key 请求头传递。

    Tamarind 支持哪些蛋白质结构预测模型？


    平台支持多种主流蛋白质结构预测模型，包括 AlphaFold（AF2）、Boltz-2、Chai-1、ESMFold/ESMFold2 等。这些模型适用于不同的场景：AlphaFold 适用于单体和多聚体预测，Boltz-2 和 Chai-1 支持蛋白质-小分子复合物，ESMFold 提供快速的单序列预测。可通过 /tools 端点或 MCP getAvailableTools 查看完整工具列表。

    可以批量提交蛋白质设计任务吗？


    可以。Tamarind 提供 /submit-batch 端点和 MCP submitBatch 工具，支持一次性提交最多 100 个相同类型的作业。这对于批量筛选序列、高通量结构表征或并行设计任务非常有用。批量作业会创建一个父作业，需要监控 batchStatus 状态等待所有子作业完成和结果聚合。

    Tamarind 需要本地 GPU 吗？


    不需要。Tamarind 是一个云端平台，所有计算任务都在托管的 GPU 上运行。用户只需通过 REST API 或 MCP 服务器提交任务，无需配置本地硬件环境。这使得没有 GPU 资源的研究者也能使用最先进的计算生物学工具。

    如何在 Python 中调用 Tamarind API？


    Tamarind 没有官方 Python SDK，需要使用 requests 库直接调用 REST API。基本流程是：设置 x-api-key 请求头，调用 /tools 发现可用工具，获取工具的参数 schema，通过 /submit-job 或 /submit-batch 提交任务，然后轮询 /jobs 端点监控状态，最后通过 /result 下载结果。详细示例可参考平台的 OpenAPI 规范（app.tamarind.bio/openapi.yaml）。

    Tamarind 支持抗体和纳米抗体设计吗？


    支持。平台提供了专门的抗体和纳米抗体设计工具，包括序列生成、人源化、可开发性评估、免疫原性预测等功能。用户可以使用这些工具进行抗体工程优化，评估候选药物分子的理化和生物学特性。

    蛋白质-配体对接使用什么工具？


    Tamarind 集成了 DiffDock 和 AutoDock Vina 等分子对接工具。DiffDock 基于深度学习，适合快速虚拟筛选；AutoDock Vina 是经典对接工具，适用于更细致的对接研究。此外，Boltz-2 和 Chai-1 等结构预测模型也支持蛋白质-小分子复合物的共折叠预测，可以同时预测配体结合位置和蛋白质构象变化。