Protocols.io Integration - 科学协议管理 API 集成

技能概述

Protocols.io Integration 是完整的 protocols.io API v3 集成解决方案，帮助科研人员通过程序化方式管理科学协议的完整生命周期，从协议发现、创建、发布到团队协作和实验追踪。

适用场景

1. 实验室协议标准化管理

适用于需要建立和维护标准化实验流程的科研团队。通过 API 可以创建结构化的科学协议，添加详细的实验步骤和材料清单，确保实验室所有成员使用统一的实验方法，提高实验的可重复性和质量。

2. 团队科研协作与知识共享

支持多地点实验室或大型科研团队的协作需求。团队可以创建共享工作空间，组织协议库，通过讨论功能进行反馈交流，追踪实验记录和结果，构建团队专属的科研知识库。

3. 科研系统集成与自动化

为科研软件开发者提供完整的 API 集成能力。可以将 protocols.io 的协议管理功能集成到现有的实验室信息系统、电子实验记录本（ELN）或科研数据平台，实现协议的自动化管理和实验数据的流程化处理。

核心功能

1. 协议全生命周期管理

支持协议的搜索、创建、编辑、发布和引用。可以通过关键词、DOI 或分类发现已有协议，创建新协议并添加结构化的实验步骤和材料清单，完成后发布并获得正式的 DOI 引用。支持多种内容格式（JSON、HTML、Markdown）和协议 PDF 导出功能。

2. 工作空间与团队协作

提供基于角色的团队工作空间管理。可以创建和管理工作空间，设置成员权限，组织协议的文件夹结构。支持协议级别的讨论和评论功能，团队成员可以对协议步骤提供反馈，促进科研方法的持续改进。

3. 文件与实验数据管理

集成文件管理功能，支持实验数据、图片和文档的上传、组织和版本管理。可以将实验结果关联到具体协议执行记录中，追踪多次实验的参数和结果，评估实验的可重复性。支持工作空间文件的组织和批量导出。

常见问题

protocols.io API 是什么？

protocols.io API 是 protocols.io 平台提供的程序化接口，当前版本为 v3。它允许开发者和科研人员通过 API 调用来管理科学协议、工作空间、讨论和文件，实现协议管理的自动化和系统集成。所有 API 请求都需要使用访问令牌进行身份验证。

如何获取 protocols.io 访问令牌？

使用 protocols.io API 需要先获得访问令牌。有两种类型的令牌：CLIENT_ACCESS_TOKEN（用于个人内容访问）和 OAUTH_ACCESS_TOKEN（用于多用户应用）。可以通过 protocols.io 平台的设置页面生成客户端访问令牌，或通过 OAuth 流程为多用户应用获取授权令牌。详细步骤请参考 references/authentication.md。

protocols.io API 支持哪些功能？

protocols.io API v3 提供六大功能模块：协议操作（搜索、创建、发布、管理步骤和材料）、讨论与协作（评论和反馈）、工作空间管理（团队协议组织）、文件管理（上传和下载文件）、附加功能（配置文件、通知、实验记录）以及认证与访问控制。标准端点的速率限制为每用户每分钟 100 次请求，PDF 端点为每分钟 3-5 次请求。