DepMap — 癌症依赖性图谱查询工具

技能概述

DepMap 技能帮助研究人员查询癌症细胞系的基因依赖性评分（CRISPR Chronos）、药物敏感性数据和基因效应谱，用于识别癌症特异性脆弱性、发现合成致死相互作用以及验证肿瘤药物靶点。

适用场景

1. 抗癌药物靶点验证

当你需要确认某个基因是否在特定癌症类型的细胞系中必需时，DepMap 可以提供该基因在数百个癌症细胞系中的依赖性评分。例如，你可以查询 KRAS 基因在肺癌细胞系中的依赖性，判断它是否适合作为治疗靶点。

2. 合成致死基因对筛选

当你想要找到与某个突变基因（如 BRCA1）存在合成致死关系的其他基因时，DepMap 可以通过比较突变型与野生型细胞系的基因依赖性，识别出选择性必需的基因，为精准医疗提供候选靶点。

3. 生物标志物发现

当你需要了解哪些基因组特征（如突变、表达量、拷贝数变异）能够预测细胞系对特定基因敲除或化合物的敏感性时，DepMap 的多组学数据和生物标志物分析功能可以帮助你发现预测性标志物。

核心功能

1. 基因依赖性评分查询

通过 DepMap API 或下载数据文件，获取任意基因在所有癌症细胞系中的 CRISPR Chronos 评分、RNAi DEMETER2 评分或标准化基因效应值。支持按癌症类型、细胞系特征筛选结果，帮助快速定位依赖该基因的细胞系。

2. 选择性依赖识别

基于 Chronos 评分阈值（如 ≤-0.5），自动筛选出对目标基因具有依赖性的细胞系，并关联其癌症类型、谱系等元数据。可进一步分析基因在不同癌症类型中的选择性，区分泛必需基因和癌症选择性必需基因。

3. 生物标志物关联分析

通过统计检验（如 Mann-Whitney U 检验），评估特定基因突变是否与目标基因的依赖性显著相关，发现预测性生物标志物。同时支持基因共必需性（co-essentiality）相关性分析，识别功能相关的基因模块。

常见问题

DepMap Chronos 评分如何解读？

Chronos 评分范围约为 -3 到 0 以上，数值越负表示基因越必需。一般而言，Chronos ≤ -0.5 表示可能依赖，≤ -1 表示强依赖（常见必需基因范围）。标准化基因效应值以 -1 为常见必需基因的中位数效应，便于跨数据集比较。

如何使用 DepMap 验证抗癌药物靶点？

首先下载 CRISPRGeneEffect.csv 和 sample_info.csv 文件，加载到 Pandas DataFrame 中。然后筛选目标癌症类型的细胞系，计算目标基因在该癌症类型和其他癌症类型中的平均基因效应，评估选择性和效应强度。最后可结合突变、表达等数据寻找预测性生物标志物。

DepMap 可以帮助发现哪些类型的癌症脆弱性？

DepMap 主要帮助发现三种脆弱性：（1）癌症选择性依赖——特定癌症类型必需但其他癌症类型不必需的基因；（2）合成致死相互作用——在某个基因突变背景下才变得必需的基因；（3）生物标志物预测的敏感性——基于基因组特征预测药物或基因敲除的响应。