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ZINC Database 技能详情

技能概述

ZINC Database 技能帮助您访问由 UCSF 维护的 2.3 亿+可购买化合物数据库，支持通过 ZINC ID 或 SMILES 进行结构检索、相似性搜索和 3D 结构下载，适用于虚拟筛选和药物发现研究。

适用场景

1. 虚拟筛选与分子对接

为分子对接研究准备化合物库，筛选符合特定性质（如类药性、先导化合物样）的分子结构，下载 3D 格式文件用于对接软件。支持按 LogP、分子量、氢键供体数等性质过滤。

2. 先导化合物发现与类似物搜索

基于已知活性化合物的 SMILES 结构，快速找到结构相似的类似物，扩大筛选范围。识别可从供应商购买的化合物，加速先导化合物优化过程。

3. 化合物检索与数据获取

通过 ZINC ID、供应商代码或 SMILES 精确查询化合物信息，获取结构描述、可用供应商和性质数据。支持批量查询和随机采样，用于构建自定义化合物数据集。

核心功能

1. 多维度化合物搜索

支持按 ZINC ID 精确检索、按 SMILES 结构搜索（可设置相似性距离阈值）、按供应商代码查询。返回 SMILES、供应商信息、性质编码等结构化数据，便于下游处理。

2. 相似性搜索与类似物发现

基于 SMILES 的 Tanimoto 距离进行结构相似性搜索，通过调整距离参数控制相似度范围。帮助研究人员发现与命中化合物结构类似的可购买分子。

3. 3D 结构下载与对接库准备

提供 3D 就绪的分子结构文件（MOL2、SDF 格式），按 tranche 系统组织便于批量下载。支持获取随机化合物子集，快速构建对接用化合物库。

常见问题

ZINC 数据库是免费的吗？

是的，ZINC 是 UCSF 维护的免费开放数据库，任何人都可以通过网站或 API 访问。但请注意，ZINC 明确声明不保证任何分子的质量，对使用数据库产生的错误不承担责任，使用前应验证化合物可用性和结构正确性。

如何通过 SMILES 在 ZINC 中搜索化合物？

使用 API 端点 https://cartblanche22.docking.org/smiles.txt，传入 smiles 参数（URL 编码）进行搜索。精确匹配使用 dist=0，相似性搜索设置 dist=1-10（值越小越相似）。可通过 output_fields 参数指定返回字段。

如何从 ZINC 数据库下载 3D 分子结构？

ZINC 提供文件仓库 https://files.docking.org/zinc22/，按 tranche 组织 3D 结构文件。可通过 ZINC ID 定位对应 tranche，下载 MOL2 或 SDF 格式文件。也可使用 API 获取化合物列表后批量下载相应文件。

ZINC 中的化合物可以直接购买吗？

ZINC 本身不销售化合物，但提供供应商目录信息。每条化合物记录包含 catalogs 和 supplier_code 字段，指示哪些供应商提供该化合物。实际购买需联系对应供应商，购买前应确认库存和价格。