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uniprot-database

直接访问UniProt的REST API。支持蛋白质搜索、FASTA文件获取、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL数据库查询。若需在Python工作流中整合多数据库，推荐使用bioservices（提供40余种服务的统一接口）。本接口适用于直接HTTP/REST操作或需精细控制UniProt查询的场景。

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@K-Dense-AI

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UniProt Database - 蛋白质序列与功能信息查询工具

技能概述


UniProt Database 技能提供全球领先的蛋白质序列和功能信息数据库的直接 REST API 访问，支持蛋白质搜索、FASTA 序列检索、ID 映射和 Swiss-Prot/TrEMBL 注释查询。

适用场景

  • 蛋白质基础研究：搜索特定蛋白质的详细注释、获取氨基酸序列、查询基因名称对应的蛋白条目、检索特定物种的蛋白质组数据

  • 跨数据库标识符转换：将 UniProt ID 映射到 Ensembl、RefSeq、PDB、AlphaFoldDB 等其他数据库，支持批量处理最多 100,000 个标识符

  • 大规模数据下载与流式处理：通过流式接口下载完整的蛋白质数据集，支持 JSON、TSV、FASTA 等多种格式，适用于基因组学分析和机器学习数据准备

    • 核心功能

  • 灵活的蛋白质搜索：支持按蛋白质名称、基因符号、登录号、物种、序列长度、GO 术语等多维度搜索，提供布尔运算符和通配符等高级查询语法

  • 多格式数据检索：支持 JSON、TSV、Excel、XML、FASTA、RDF 等多种输出格式，可自定义字段选择以优化传输效率

  • ID 映射与批量操作：提供异步 ID 映射服务，支持在 UniProt 与 40+ 外部数据库之间进行标识符转换，结果保留 7 天

    • 常见问题

    UniProt Database 技能是什么？


    这是一个提供 UniProt 蛋白质数据库 REST API 直接访问的技能，支持搜索蛋白质条目、下载 FASTA 序列、进行标识符映射以及访问 Swiss-Prot（人工审核）和 TrEMBL（自动注释）的蛋白质注释信息。

    Swiss-Prot 和 TrEMBL 有什么区别？


    Swiss-Prot 包含人工审核和注释的高质量蛋白质条目，推荐用于需要准确性的研究；TrEMBL 包含计算机自动预测的条目，覆盖面更广但未经人工验证。使用 reviewed:true 过滤条件可限定仅搜索 Swiss-Prot 条目。

    什么情况下应该使用 bioservices 而不是这个技能？


    如果需要统一访问 40+ 生物信息学服务（包括 UniProt、NCBI、PDB 等），建议使用 bioservices 获取一致的接口体验。如果专注于 UniProt 特定功能、需要更细粒度的 API 控制，或进行直接的 HTTP/REST 调用，使用本技能更合适。