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Protocols.io Integration - 科学协议管理 API 集成

技能概述

完整的 protocols.io API v3 集成工具，帮助科研人员通过程序化管理科学实验协议、工作空间和协作流程。

适用场景

1. 实验室协议数字化管理

将实验室的实验方案、操作步骤、试剂材料统一数字化管理。支持创建结构化的协议文档，添加详细步骤说明，关联材料清单，并生成可引用的 DOI。适用于需要标准化实验流程、提高实验可重复性的科研团队。

2. 团队科研协作与共享

在多成员工作空间中协同开发和管理协议。团队成员可以评论、讨论协议内容，共享实验数据文件，跟踪各自执行的实验记录。特别适合跨实验室、跨机构的大型科研项目。

3. 实验协议发现与集成

搜索 protocols.io 平台上的公开协议库，找到相关领域的成熟方案并集成到自己的工作流中。支持按关键词、DOI、分类筛选，查看社区评论反馈，生成 PDF 离线参考。

核心功能

1. 协议全生命周期管理

创建、编辑、发布科学协议的完整流程支持。可管理协议的元数据和标签，添加和编排步骤，记录试剂材料，申请 DOI 发布，管理协议版本。支持 JSON、HTML、Markdown 多种内容格式导出。

2. 工作空间与权限协作

创建团队工作空间，管理成员角色和访问权限。在工作空间内组织协议库，共享文件资源，开展讨论评论。支持多用户协作开发和协议评审流程。

3. 文件管理与实验跟踪

上传和管理实验相关文件（数据、图片、文档），支持文件夹组织结构。创建实验执行记录，关联上传的数据文件，记录协议执行中的修改和优化。支持数据备份和迁移导出。

常见问题

protocols.io API 如何进行身份认证？

使用 Bearer Token 方式认证。支持 CLIENT_ACCESS_TOKEN（个人访问）和 OAUTH_ACCESS_TOKEN（多用户应用）两种类型。OAuth 流程需要生成授权链接，用户授权后用授权码换取访问令牌，过期后可刷新续期。详见 references/authentication.md。

如何通过 API 创建新的科学协议？

使用 POST /protocols 接口创建协议，提交标题、描述和标签。创建后使用 POST /protocols/{id}/steps 添加步骤，在步骤组件中记录试剂材料。完成内容后使用 POST /protocols/{id}/publish 申请 DOI 发布。所有请求需在 Header 中携带 Authorization: Bearer YOUR_TOKEN。

protocols.io API 的调用频率限制是多少？

标准接口限制为每用户每分钟 100 次请求，PDF 生成接口限制为每分钟 5 次（登录用户）或 3 次（未登录）。遇到 HTTP 429 错误时需实现指数退避重试，根据 Retry-After 头等待后再次请求。