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kegg-database

直接访问KEGG的REST API（仅限学术用途）。支持通路分析、基因-通路映射、代谢通路研究、药物相互作用分析及ID转换。若需在Python工作流中整合多数据库操作，推荐使用bioservices工具；如需直接进行HTTP/REST调用或需精细控制KEGG特定功能，则适用本接口。

作者

@K-Dense-AI

分类

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热度:8

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KEGG Database - 生物通路分析 REST API 工具

技能概述


KEGG Database 技能提供直接访问 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）REST API 的 Python 接口，用于生物通路分析、基因-通路映射、代谢网络研究和药物相互作用分析。

适用场景

  • 生物信息学研究

    • 查询和分析生物通路数据，获取基因、化合物、酶、疾病和药物的关系网络，支持 pathway enrichment 分析和代谢网络构建。

  • 基因组学与转录组学分析

    • 将基因列表映射到 KEGG 通路，识别基因参与的生物过程，支持跨物种通路比较和基因功能注释。

  • 药物研发与化学信息学

    • 查询药物-药物相互作用，分析化合物参与的代谢反应，研究药物靶点通路和疾病关联机制。

    核心功能

  • 七种 KEGG API 操作

    • 支持数据库信息查询 (kegg_info)、条目列表获取 (kegg_list)、关键词搜索 (kegg_find)、条目详情获取 (kegg_get)、ID 转换 (kegg_conv)、交叉引用 (kegg_link) 和药物相互作用检查 (kegg_ddi)，覆盖 KEGG 的全部 REST API 功能。

  • 多格式数据输出

    • 支持获取蛋白质/核酸序列 (FASTA)、化合物结构 (MOL/KCF)、通路图像 (PNG)、通路图 (KGML/XML)、通路数据 (JSON) 等多种格式，满足不同分析需求。

  • 跨数据库 ID 映射

    • 支持与 NCBI Gene、UniProt、PubChem、ChEBI 等外部数据库的 ID 互相转换，便于整合多源生物数据进行联合分析。

    常见问题

    KEGG API 可以免费使用吗？


    KEGG API 仅面向学术用户和学术用途免费开放。如果您属于非学术机构或计划将数据用于商业用途，必须先获得 KEGG 的商业许可授权。

    单次查询最多能获取多少条数据？


    除图像、KGML 和 JSON 格式仅支持单条记录外，大多数 KEGG API 操作（如 kegg_get、kegg_list、kegg_conv）每次最多支持 10 个条目的批量查询。

    应该使用 direct KEGG API 还是 bioservices？


    如果您的项目只需访问 KEGG 数据库，使用本技能的 direct HTTP/REST 接口即可。如果您需要同时整合多个生物数据库（如 UniProt、PubChem、ChEMBL 等），建议使用 bioservices 包以获得更统一的接口。