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HMDB Database - 人类代谢组数据库查询工具

技能概述

HMDB Database 技能让你快速访问人类代谢组数据库（HMDB），查询超过 22 万种人体代谢物的详细信息，包括化学性质、生物标志物数据、NMR/MS 光谱和代谢通路。

适用场景

1. 代谢组学研究

当你进行代谢组学实验，需要鉴定未知代谢物或查询已知代谢物的详细信息时，使用 HMDB 可以快速获取化合物的结构、分子量、光谱数据和生物学功能，加速研究进程。

2. 代谢物鉴定与验证

在质谱（MS）或核磁共振（NMR）分析后，通过 HMDB 的光谱匹配功能，对比实验数据与参考光谱，准确鉴定代谢物身份，支持多种检索方式（名称、ID、结构、SMILES、InChI）。

3. 生物标志物发现与临床研究

查询疾病相关的代谢物及其在正常与病理状态下的浓度范围，探索潜在的生物标志物，获取临床相关的浓度数据和毒理学信息。

核心功能

1. 多维度的代谢物搜索

支持按名称、HMDB ID、结构式、分子量范围进行检索，提供 LC-MS、GC-MS 和 NMR 光谱匹配功能，可按生物样本类型（尿液、血清、脑脊液等）筛选代谢物。

2. 全面的代谢物信息获取

获取 130+ 数据字段的详细信息，包括化学性质（结构、分子式、SMILES）、生物学背景（代谢通路、酶、定位）、临床意义（正常浓度、疾病关联、生物标志物）和分析数据（NMR/MS 光谱、保留时间）。

3. 批量数据下载与本地分析

支持 XML、SDF、CSV/TSV、FASTA 等多种格式的数据导出，便于构建本地数据库或集成到数据分析流程中，适合大规模数据处理和二次开发。

常见问题

HMDB 数据库是免费的吗？

HMDB 对学术和非商业研究免费开放。商业用途需要获得作者明确许可，并在使用时注明数据来源（HMDB）和原始出版物。下载大量数据时，请在发表的论文中引用 HMDB 相关文献。

如何使用 HMDB 搜索代谢物？

可以通过多种方式搜索：输入代谢物名称、同义词或 HMDB ID（如 HMDB0000001）进行文本检索；使用 ChemQuery 进行结构或子结构搜索；上传实验光谱进行 LC-MS、GC-MS 或 NMR 匹配；或按疾病关联、通路、样本类型进行高级筛选。

HMDB 可以用于商业用途吗？

商业使用需要明确联系 HMDB 团队（samackay@ualberta.ca）获取许可。学术研究团队如需编程访问接口，可联系 eponine@ualberta.ca 或 samackay@ualberta.ca。R 用户可使用 Bioconductor 的 hmdbQuery 包进行查询。